Сергей Македонский закончил в 1978 г., экономический факультет МГУ им. Ломоносова.
Работал на Московском инструментальном заводе и в Научно-исследовательском институте информации и технико-экономических исследований пищевой промышленности при Государственном агропромышленном комитете СССР. В настоящее время работает в Институте народнохозяйственного прогнозирования РАН (ИНП РАН). Кандидат экономических наук, заведующий лабораторией.
Сергей является разработчиком бюджетно-налогового блока равновесной межотраслевой модели российской экономики RIM. Имеет 17 научных публикации.