Михаил Ксенофонтов в 1974 г. закончил экономический факультет МГУ им. Ломоносова по специальности "Планирование народного хозяйства".
Работал в Центральном экономико-математический институте Академии Наук СССР. В настоящее время работает в Институте народнохозяйственного прогнозирования Российской Академии Наук (ИНП РАН). Доктор экономических наук, заместитель директора Института, заведующий лабораторией.
Основные направления научной деятельности - методология социально-экономического прогнозирования, анализ конкретных проблем социально-экономического развития страны на макроэкономическом уровне и на уровне отдельных секторов национальной экономики, обоснование приоритетов промышленной, энергетической, аграрной, инвестиционной, научно-технической политики, моделирование экономического роста и сдвигов в структуре национальной экономики.
Участвует в разработке среднесрочных и долгосрочных сценариев развития российской экономики, формировании общей логики сценарных расчетов, разработчик внешнеторгового блока модели RIM.
Имеет 46 научных трудов.
Михаил Ксенофонтов является членом Ученого совета ИНП РАН, научно-редакционного совета журнала "Проблемы прогнозирования", заместителем заведующего базовой кафедрой прогнозирования национальной экономики Московского физико-технического института, член-корреспондентом Российской академии естественных наук.